林榮基一五年在內地被扣押近八個月，一六年六月，在監控人員的交換條件下，他獲准回港，其後他沒有按約定返回內地。內地仍然以「違法經營書籍銷售」通緝他。
他以為回到香港，只要不踏足內地就安全了。不過，近期政府如火如荼修訂《逃犯條例》，林榮基擔心修訂方案一旦落實，他可能會被引渡受審。香港政府不能再保障他的人身安全，於是他積極計劃移居其他地方。他說：「大家都知道香港等於深圳、廣州一樣。不過問題是未殺到埋身，但我們知道情況是越來越近⋯香港現時未至於公安公然出來執法，我們也一步步接近。」
「大家見到過去幾年電視認罪⋯無律師陪同下要你寫認罪書，要你拍一些（片段）⋯一個假的法庭去拍一些視頻，找一個假的女警去做證人，這些我都經歷過，我怎可能相信大陸提供一些所謂證據呢？」
本周三佔中九子判刑，也是林榮基離開香港前最後一天。他感慨佔中九子為爭取普選也被定罪，甚至被判囚。周四，他拖着兩個行李箱：一箱書、一箱衣服，到台灣展開新生活。他離開香港前，《鏗鏘集》記者請他錄一段留給港人的說話，他說：「好好保護香港，這是我對香港人最大期望。」
他到台灣後便立即找工作機會，其中一個選擇是他的老本行—經營書店，甚至重新再名為「銅鑼灣書店」，因為這是對抗強權的標誌。若工作落實後，他說打算定居台灣了。
林榮基於一五年十月到內地找朋友，卻遭深圳海關拘留，指控他違法經營書籍銷售，被扣押審問。至一六年二月，鳳凰衛視播出林榮基的「認罪」片段，詳述他向內地銷書的過程。同年四月，他被安排在韶關居住，並在韶關圖書館工作。他一直要求返港，拘留人員交換條件，要求他將載有訂書資料的電腦硬碟帶回內地。
林榮基回港後，才看到香港人聲援鑼灣書店事件的報道。直至六月十六日，他原定要返內地，但他毅然決定留港，並開記者會交待「被失蹤」被扣押近八個多月的過程，又公開指他「認罪」的片段是「有晒導演，有晒台詞，要記要唸」。時任特首梁振英曾經表示，循三方向跟進銅鑼灣書店事件，包括去信中央反映港人關注及顧慮、檢討現行通報機制，以及有需要時派香港官員到內地跟進。
一七年底，政府加強與內地的通報機制，即按內地法律有權對香港居民採取刑事強制措施的機關，向本港執法機關通報。一般刑事案須在七日內通報，涉及危害國家安全罪案件亦須在30日內通報，今年二月生效。但保安安局長李家超被問到，新安排是否跟銅鑼灣書店事件有關、林榮基的遭遇屬那一個通報級別，李家超未有回應。
林榮基曾在內地被扣押近八個月，以為回港就安全了。但政府正修訂《逃犯條例》，他擔心修訂方案一旦落實，他可能會被引渡受審，決定離開香港。
林榮基到台北後，到他最愛的淡水看海。他稱喜歡海因為感覺自由。
離港前夕，林榮基到最有本港特色的大排檔吃公仔麵。
林榮基希望能向外國媒體講述香港情況，離港前一日，接受日本媒體訪問。
林榮基周四離開香港，赴台定居，他拖着兩個行李箱，一箱是書，一箱是衣物。
